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Dissertation zugänglich unter
URN: urn:nbn:de:gbv:18-56859
URL: http://ediss.sub.uni-hamburg.de/volltexte/2012/5685/


Kombination der FISH- und TMA-Technik zur Aufklärung der molekularen Architektur des 8q21 Amplikons beim Mammakarzinom

Berger, Josephine

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Freie Schlagwörter (Deutsch): TMEM70 , TCEB1 , WWP1 , TMA , Amplikon
Freie Schlagwörter (Englisch): TMEM70 , TCEB1 , WWP1 , TMA , amplicon
Basisklassifikation: 44.92 , 44.46 , 44.47
Institut: Medizin
DDC-Sachgruppe: Medizin, Gesundheit
Dokumentart: Dissertation
Hauptberichter: Guido, Sauter (Prof. Dr.)
Sprache: Deutsch
Tag der mündlichen Prüfung: 25.05.2012
Erstellungsjahr: 2011
Publikationsdatum: 11.06.2012
Kurzfassung auf Deutsch: Amplifikationen auf Chromosom 8q21 wurden bei ca. 3-58,3 % der Mammakarzinome beschrieben. Studien, die diesen Bereich kartiert haben, deuten auf die Existenz von mindestens 3 unabhängigen Amplikons innerhalb von 8q21 hin. Eines dieser Amplikons ist um das Gen TMEM70 herum gelegen. Bisher ist allerdings nicht bekannt, wie groß dieses Amplikon ist und welche möglichen Kandidatengene es einschliesst. Ziel dieser Arbeit war es, die Architektur des 8q21-Amplikons um das Gen TMEM70 beim Mammakarzinom zu bestimmen.
Im ersten Teil der Studie wurde ein Gewebemikroarray mit 814 Mammakarzinomen mit Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung auf Amplifikationen vom TMEM70 untersucht. 509 (62,53 %) Proben konnten erfolgreich analysiert werden, unter ihnen befanden sich 14 Tumoren (2,75 %) mit TMEM70 Amplifikation, alle 14 waren duktaler Genese.
Um die Ausdehnung des Amplikons zu bestimmen, wurde im zweiten Teil der Arbeit aus 13 dieser Tumoren ein neuer Gewebemikroarray (Mapping-Array) angefertigt. Ein Tumor musste von diesem Array ausgeschlossen werden, weil auf dem zugehörigen Gewebeblock nicht mehr ausreichend Tumormaterial für die TMA-Konstruktion vorhanden war. Dieser Mappingarray wurde mit 19 selbst hergestellten FISH Sonden analysiert, die den Bereich der Gene TRAM1-TMEM55A (Positionen 71,49-92,07 Mb, Grösse 20,58 Mb) im Abstand von ca. 1 Mb abdecken.
Es zeigte sich, dass das Amplikon zum 8q-Telomer hin bis zum E2F5 Gen (Position 86,17 Mb) reichte. Auf der centromerwärts gelegenen Seite konnte das Ende des Amplikons mit den vorselektierten 19 FISH-Sonden nicht bestimmt werden.
Die am häufigsten amplifizierten Gene waren TCEB1 (13/13) und TMEM70 (13/13). Diese Gene zeigten auch das höchste Amplifikationsniveau. Es wurden im Mittel für TCEB1 9,15 Genkopien (min: 5; max: 15) und für TMEM70 im Mittel 7,92 Genkopien (min: 4,5; max: 15) gefunden.
In den 13 amplifizierten Tumoren zeigten 7 Amplifikationen vom HSR-Typus und 6 Amplifikationen vom DM-Typus. Das Amplifikationsniveau war in Tumoren des HSR-Typus generell höher (6,67 Kopien) als beim DM-Typus (5,99 Kopien).
Das bereits in anderen Studien diskutierte 8q21–Amplikonzielgen WWP1 war in keinem Fall in der Amplifikation enthalten. Im Gegensatz dazu wurden Koamplifikationen von TMEM70 und TPD52 – einem anderen mutmaßlichen 8q21 Zielgen – in 84,6 % der Tumoren gefunden.
Zusammenfassend zeigen diese Daten, dass TCEB1 und TMEM70 die Kerngene des von 71,49-86,17 Mb reichenden Amplikons auf 8q21 darstellen. Dieses Amplikon ist unabhängig von dem telomerisch gelegenen WWP1 Amplikon. Mindestens 58 Gene können in das Amplikon eingeschlossen sein. TCEB1 und TMEM70 sind aufgrund des relativ hohen Amplifikationsniveaus die möglicherweise besten Kandidaten für das tumorbiologisch relevante Gen dieses Amplikons.
Kurzfassung auf Englisch: Amplification of chromosom 8q21 was described in 3-58.3% of breast cancer before. Studies, which have analysed this area, point to at least 3 independent amplicons in 8q21. One of these amplicons is around the gene TMEM70. So far it is unknown how big the amplicon is and which possible candidategenes are included. Aim of this study was to clarify the architecture of the 8q21 amplicon around the gene TMEM70 in breast cancer.
Therefore 814 probes were analysed via FISH in the first step. 509 probes were analysed successful and 14 (2,75%) showed a TMEM70 amplification. All 14 probes were from the ductal type.
13 probes were used to build a new mapping-array. This array was scanned with 19 selfmade FISH-probes from position 71,49 Mb to 92,07 Mb.
The results showed, that the amplicon reaches to E2F5 (position 86,17 Mb) at the telomer side. At the centromer side no end of the amplicon could be identified.
Two different types of amplification were found in this study: HSR-type and DM-type. The amplificationlevel was generally higher in HSR- then in DM-types.
No amplification was found for the WWP1 gene. This result stands for the existence of another independent amplicon and a break of the 8q21 amplicon.
The most frequently amplification with the highest level was found for TCEB1 and TMEM70. Both genes are possibly the best candidates for the cancerbiological relevant gene of the amplicon.

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