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Dissertation zugänglich unter
URN: urn:nbn:de:gbv:18-79935
URL: http://ediss.sub.uni-hamburg.de/volltexte/2016/7993/


Prevalence of chromosomal rearrangements involving non-ETS genes in prostate cancer

Häufigkeit von chromosomalen Rearrangements von nicht ETS-Genen beim Prostatakarzinom

Galal, Rami Julian

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Freie Schlagwörter (Deutsch): non-ETS , Prostatakarzinom
Freie Schlagwörter (Englisch): non-ETS genes
Basisklassifikation: 44.47
Institut: Medizin
DDC-Sachgruppe: Medizin, Gesundheit
Dokumentart: Dissertation
Hauptberichter: Sauter, Guido (Prof. Dr.)
Sprache: Deutsch
Tag der mündlichen Prüfung: 21.06.2016
Erstellungsjahr: 2015
Publikationsdatum: 09.08.2016
Kurzfassung auf Deutsch: Das Prostatakarzinom ist charakterisiert durch strukturelle Rearrangements. Am
häufigsten handelt es sich dabei um Translokationen zwischen Androgen-abhängigen
Genen und Mitgliedern der ETS-Genfamilie. Die häufigste Translokation ist hier die
TMPRSS2:ERG-Fusion. In einer kürzlich durchgeführten Sequenzierstudie des
Gesamtgenoms von 11 Prostatakarzinomen konnten wir 140 Genfusionen nachweisen,
an denen keine ETS-Gene beteiligt waren. Das Ziel der vorliegenden Studie war daher,
die Prävalenz von einigen dieser Nicht-ETS Genfusionen zu klären. Dazu wurden 27
der 140 Gene randomisiert ausgewählt und mittels Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung
(FISH) an 500 Prostatakarzinomen im Gewebsmikroarrayformat (tissue microarray,
TMA) auf chromosomale Rearrangements untersucht. Mittels der verwendeten Break-
Apart-FISH-Sonden konnten in 13 (48%) der 27 analysierten Gene Rearrangements in
300 bis 400 auswertbaren Prostatakarzinomen nachgewiesen werden. Rekurrente
Genbrüche, häufig begleitet von partiellen Deletionen, wurden für die Gene NCKAP5,
SH3BGR und TTC3 in jeweils 3 (0,8%) und für die Gene ARNTL2 und ENOX1 in jeweils
2 (0,5%) der auswertbaren Tumoren gefunden. Je eine Tumorprobe zeigte einen
Genbruch in den Genen VCL, ZNF578, IMMP2L, SLC16A12, PANK1, GPHN, LRP1 und
ZHX2. Balanzierte Translokationen, die auf mögliche Genfusionen hinweisen, wurden
lediglich in jeweils einer Karzinomprobe für die Gene ZNF578, SH3BGR, LPR12 und
ZHX2 nachgewiesen. Die Ergebnisse der vorliegenden Studie zeigen, dass
Rearrangements unter der Beteiligung von Nicht-ETS-Genen beim Prostatakarzinom
auftreten können, typischerweise jedoch nicht rekurrent sind.
Kurzfassung auf Englisch: Prostate cancer is characterised by structural rearrangements. Most frequently
translocations occur between androgen-responsive genes and members of the ETS
family. Hereby, the most common translocation is the TMPRSS2:ERG-Fusion. In a
recent sequency study we could detect 140 gene fusions without ETS-genes. Hence,
aim of the study was to measure the prevalence of some of these non-ets gene fusions.
In a randomized study, 27 of the 140 non-ets genes were analyzed by FISH in 500
prostate cancers in tissue microarray regarding chromosomal rearrangements. Using
break-apart FISH probes for one fusion partner each, we found rearrangements of 13
(48%) of the 27 analyzed genes in 300-400 analyzable cancers per gene. Recurrent
breakage, often accompanied by partial deletion of the genes, was found for NCKAP5,
SH3BGR and TTC3 in 3 (0.8%) tumors each, as well as for ARNTL2 and ENOX1 in 2
(0.5%) cancers each. One rearranged tumor sample was observed for each of VCL,
ZNF578, IMMP2L, SLC16A12, PANK1, GPHN, LRP1 and ZHX2. Balanced
rearrangements, indicating possible gene fusion, were found for ZNF578, SH3BGR,
LPR12 and ZHX2 in individual cancers only. The results of the present study confirm
that rearrangements involving non-ETS genes occur in prostate cancer, but demonstrate
that they are highly individual and typically non-recurrent.

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