Vergleichende Evaluation von real-time PCR-Assays für den Nachweis von Aliarcobacter butzleri als Testvergleich ohne Goldstandard

Abstract

Arcobacter butzleri wird als potentielle Ursache gastrointestinaler Infektionen angesehen. Die wenigsten bislang etablierten Diagnostik-Algorithmen für Stuhlproben von Patienten mit Diarrhoe beinhalten die Suche nach A. butzleri, weshalb der Erreger wahrscheinlich oft unentdeckt bleibt und z. B. mittels erregerspezifischer, molekularer Methoden gezielt gesucht werden müsste. In der publizierten Studie wurden drei spezifische real-time PCR-Assays verglichen, welche die Zielgene hsp60, rpoB/C (jeweils Hybridisierungssonden-Assays) und gyrA (Fluoreszenz-Resonanzenergie-Transfer-Assay) adressierten. Diese PCR-Verfahren wurden in einem Testvergleich ohne Goldstandard unter Einsatz der indirekten Sensitivitäts- und Spezifitätsschätzung mittels Latent Class-Analyse (LCA) vergleichend evaluiert. Zur Beurteilung der diagnostischen Genauigkeit der real-time PCR-Assays wurde DNA aus einer ghanaischen Stuhlprobensammlung (1495 Stuhlproben ohne nachgewiesene PCR-Hemmung) mit hoher Prätest-Wahrscheinlichkeit genutzt. Die berechnete Sensitivität und Spezifität betrug 93,0 % und 96,9 % für die hsp60‑PCR, 100 % und 98,2 % für die rpoB/C‑PCR, sowie 12,7 % bzw. 99,8 % für die gyrA‑PCR. Die berechnete A. butzleri-Prävalenz innerhalb der ghanaische Bevölkerung lag bei 14,8 %. Wie aus den Testergebnissen der hochtitrig gespikten Proben hervorgeht, können Kreuzreaktionen des hsp60‑Assays und des rpoB/C‑Assays mit phylogenetisch eng verwandten Arten wie A. cryaerophilus vorkommen, sind jedoch bei phylogenetisch weiter entfernten Arten wie beispielsweise A. lanthieri, weniger wahrscheinlich. Zusammenfassend zeigte der rpoB/C‑Assay die vielversprechendsten Eigenschaften, war er doch als einziger Assay mit einer Sensitivität von >95 % vergesellschaftet, allerdings verbunden mit einem breiten 95 %-Konfidenzintervall. Darüber hinaus zeigte dieser Assay trotz der bekannten Kreuzreaktivität mit phylogenetisch eng verwandten Arten eine noch akzeptable Spezifität von >98 %. Zur Erhöhung der Spezifität kann eine Bestätigungstestung mit dem gyrA‑Assay mit einer Spezifität von nahezu 100 % für Proben mit positiven rpoB/C‑PCR-Ergebnissen im Sinne einer Stufendiagnostik angeschlossen werden. Ein negatives Ergebnis im gyrA‑Assay schließt, durch dessen sehr geringe Sensitivität, ein Vorhandensein des Erregers in der Probe jedoch nicht zuverlässig aus. Folgestudien zur ätiologischen Relevanz von A. butzleri erscheinen in der ghanaischen Bevölkerung aufgrund der beobachtet hohen Prävalenz von A. butzleri in den ghanaischen Residualstuhlproben sinnvoll.