Volltextdatei(en) vorhanden
DC ElementWertSprache
dc.contributor.advisorRarey, Matthias (Prof. Dr.)
dc.contributor.authorSchlosser, Jochen
dc.date.accessioned2020-10-19T12:48:12Z-
dc.date.available2020-10-19T12:48:12Z-
dc.date.issued2011
dc.identifier.isbn978-3-8322-9874-6
dc.identifier.urihttps://ediss.sub.uni-hamburg.de/handle/ediss/4010-
dc.description.abstractThe standard approach to structure-based high-throughput virtual screening is a sequential procedure: Each molecule of a given library is evaluated against the target protein, eventually generating a ranked list of molecules. A new approach, TrixX BMI, avoiding the sequential screening pipeline is presented in this thesis. It is based on a novel descriptor that encodes physicochemical properties of small molecules and proteins. The descriptor is calculated as part of a preprocessing step for all molecules in a compound library. Compound flexibility is accounted for using pre-enumerated conformational ensembles and the descriptors are stored in an indexed database. Complementary site descriptors of the protein are used to identify matching compounds and possible placements within the active site. Chemical and shape complementarity is evaluated solely on the descriptor level. During this process, molecules that are not part of any descriptor match are discarded. This non-sequential access to the compound library results in a speed-up of one order of magnitude compared to competing approaches while yielding results of comparable quality. Furthermore, TrixX BMI can incorporate requests for a certain pharmacophore interaction pattern to the protein. In this scenario, the speed-up increases to two orders of magnitude. TrixX BMI can be deployed in a parallel computing environment and scales with the number of available cores. Thus, it is suited for virtual high-throughput experiments.en
dc.description.abstractTraditionelle Ansätze des strukturbasierten virtuellen Screenings arbeiten sequentiell: Jedes Molekül einer Bibliothek wird einzeln für das Zielprotein untersucht und die zu erwartende Bindungsgaffinität berechnet. In dieser Arbeit wird ein Verfahren namens TrixX BMI vorgestellt, welches diesen sequentiellen Prozess umgeht. Der Ansatz basiert auf einem innovativen Deskriptor, welcher physikochemische Eigenschaften von Proteinen und Wirkstoffen kodiert. Der Deskriptor wird in einem Vorverarbeitungsschritt für alle Liganden unter Berücksichtigung ihrer Flexibilität berechnet und indiziert gespeichert. Mit Hilfe komplementärer, auf dem aktiven Zentrum beruhenden Anfragedeskriptoren, ist es möglich Ligandplatzierungen innerhalb des Proteins zu identifizieren. Sowohl chemische, als auch räumliche Komplementarität wird bereits auf der abstrakten Deskriptorebene behandelt. Moleküle für die kein passender Anfragedeskriptor vorliegt werden von weiteren Berechnungen ausgeschlossen. Dieser nicht-sequentielle Zugriff auf die Molekülbibliothek beschleunigt das virtuelle Screening im Vergleich zu anderen Methoden um eine Größenordnung, ohne dass ein signifikanter Qualitätsverlust der Resultate auftritt. Weiterhin ist es möglich pharmakophore Eigenschaften, die ein bevorzugtes Interaktionsmuster des Proteins darstellen, als Bestandteil der Deskriptoranfrage zu verwenden. In diesem Fall wird das Verfahren um eine weitere Größenordnung beschleunigt. TrixX BMI kann in parallelen Rechnerumgebungen eingesetzt werden und das System skaliert mit der Anzahl an verfügbaren Rechenkernen. Somit können virtuelle Hochdurchsatzexperimente mit TrixX BMI durchgeführt werden.de
dc.language.isoenen
dc.publisherStaats- und Universitätsbibliothek Hamburg Carl von Ossietzky
dc.rightshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.subjectBitmap Indexde
dc.subjectVirtuelles Screeningde
dc.subjectBitmap Indexen
dc.subjectDescriptor Indexingen
dc.subjectVirtual Screeningen
dc.subject.ddc004 Informatik
dc.titleStructure-Based Virtual Screening Using Index Technologyen
dc.title.alternativeStrukturbasiertes Virtuelles Screening unter Verwendung von Indextechnologiede
dc.typedoctoralThesis
dcterms.dateAccepted2010-11-10
dc.rights.ccNo license
dc.rights.rshttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/
dc.subject.bcl35.06 Computeranwendungen
dc.subject.bcl54.80 Angewandte Informatik
dc.subject.gndDocking protein
dc.subject.gndHigh throughput screening
dc.subject.gndMolekueldeskriptor
dc.subject.gndIndex
dc.type.casraiDissertation-
dc.type.dinidoctoralThesis-
dc.type.driverdoctoralThesis-
dc.type.statusinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.thesisdoctoralThesis
tuhh.opus.id5094
tuhh.opus.datecreation2011-03-29
tuhh.type.opusDissertation-
thesis.grantor.departmentInformatik
thesis.grantor.placeHamburg
thesis.grantor.universityOrInstitutionUniversität Hamburg
dcterms.DCMITypeText-
tuhh.gvk.ppn669017116
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:18-50947
item.languageiso639-1other-
item.creatorOrcidSchlosser, Jochen-
item.grantfulltextopen-
item.creatorGNDSchlosser, Jochen-
item.advisorGNDRarey, Matthias (Prof. Dr.)-
item.fulltextWith Fulltext-
Enthalten in den Sammlungen:Elektronische Dissertationen und Habilitationen
Dateien zu dieser Ressource:
Datei Beschreibung GrößeFormat  
dissertation_jochen_schlosser.pdf.pdf1.22 MBAdobe PDFÖffnen/Anzeigen
Zur Kurzanzeige

Diese Publikation steht in elektronischer Form im Internet bereit und kann gelesen werden. Über den freien Zugang hinaus wurden durch die Urheberin / den Urheber keine weiteren Rechte eingeräumt. Nutzungshandlungen (wie zum Beispiel der Download, das Bearbeiten, das Weiterverbreiten) sind daher nur im Rahmen der gesetzlichen Erlaubnisse des Urheberrechtsgesetzes (UrhG) erlaubt. Dies gilt für die Publikation sowie für ihre einzelnen Bestandteile, soweit nichts Anderes ausgewiesen ist.

Info

Seitenansichten

94
Letzte Woche
Letzten Monat
geprüft am 17.05.2021

Download(s)

18
Letzte Woche
Letzten Monat
geprüft am 17.05.2021
Werkzeuge

Google ScholarTM

Prüfe