Identifizierung von neuen tumorrelevanten Genen : Eine genomweite Suche nach Onkogenen und Tumorsuppressorgenen bei 72 Prostatakarzinomen und 5 Zelllinien mit hochauflösender SNP-Array Technologie

Abstract

Bisher sind kaum Onkogene und Tumorsuppressorgene beim Prostatakarzinom bekannt. Mit neuen, hochauflösenden DNA-Array Techniken stehen heute Möglichkeiten zur Charakterisierung kompletter humaner Tumorgenome in einem einzigen Experiment zur Verfügung. Am Institut für Pathologie sind DNA-Kopiezahlprofile von 72 Prostatakarzinomen erstellt worden.

Fragestellung: Welche Gene sind in den 72 analysierten Prostatakarzinomen häufig durch Deletionen bzw. Amplifikationen gekennzeichnet? Welche dieser Gene könnten bisher unbekannte Onkogene und Tumorsuppressorgene darstellen? Ziel war es, einen umfassenden Katalog aller Genveränderungen des Prostatakarzinoms zu erstellen. Dieser Katalog wird ein wichtiger Ausgangspunkt für zukünftige Projekte zur detaillierten Validierung von Genen mit potentieller Relevanz für das Prostata-Karzinom.

Methoden: Die vorhandenen SNP-Array Daten wurden analysiert, um Genorte mit Kopiezahlveränderungen (Deletionen und Amplifikationen) zu identifizieren. Durch den Vergleich der exakten chromosomalen Positionen dieser Veränderungen wurden die kleinsten gemeinsam veränderten Bereiche auf der Ebene einzelner Gene dargestellt und potentielle Kandidatengene in diesen Regionen ermittelt.

Nowadays only very few oncogenes and tumor-suppressor genes are known in prostate carcinoma. Using new, high resolution DNA-array technologies, we can analyze whole tumor genomes in one single experiment. In the department of pathology we analyzed DNA-copy number profiles of 72 prostate carcinomas using high resolution SNP-array technology.

It was searched for recurrent deletions and amplifications that reveal target genes of prostate cancer aberrations. This catalog is an important basis for further projects that validate possible genes of importance concerning the prostate carcinoma.