Anwendung von Hochdurchsatzmethoden zur translationalen Erforschung der 5q21-Deletion beim Prostatakarzinom

Abstract

Die vorliegende Arbeit verfolgte das Ziel, im Sinne der translationalen Forschung einen möglichen Prognosemarker für das Prostatakarzinom zu identifizieren und seinen prognostischen Nutzen zu validieren. Zu diesem Zweck wurde zunächst eine Methode entwickelt, die es ermöglicht, Mate-Pair-Sequenzierungen von Komplettgenomen per „Next Generation Sequencing“ (NGS) am PCA durchzuführen. Hierzu wurde ein Verfahren etabliert, um DNA von sowohl besonders hoher Qualität als auch maximaler Ausbeute aus limitierten PCA-Gewebemengen zu isolieren. Der zweite Projektteil dieser Studie hatte zum Ziel, die verbreitete, aber noch nicht näher untersuchte 5q21-Deletion auf ihre Häufigkeit, klinische Relevanz und das Vorhandensein eines relevanten Tumorsuppressor-Gens (TSG) hin zu untersuchen. Anhand dieser Daten sollte eine mögliche Eignung dieser Veränderung als prognostischer Marker des PCA geprüft werden. Hierzu wurden PCA-Gewebe von 12.426 in Form eines Tissue Micro Arrays mittels Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung auf das Vorhandensein einer 5q21-Deletion hin untersucht und mit klinisch-pathologischen Daten dieser Tumoren, sowie der Patientenprognose korreliert. Diese Analysen ergaben, dass knapp 10 % aller PCA von einer 5q21-Deletion betroffen sind, und dass diese Tumoren signifikant mit einem aggressiven Tumortyp wie auch einer negativen Patientenprognose assoziiert sind. Weitere Untersuchungen konnten den Chromatinremodeler CHD1 (Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 1) als das TSG dieser Region identifizieren.