Analyse der freien zirkulierenden DNA von Prostatakarzinom-Patienten auf allelische Imbalance

Abstract

In meiner Doktorarbeit wird die freie zirkulierende DNA aus dem Blutplasma von Prostatakarzinom-Patienten, BPH-Patienten und gesunden Probanden isoliert, um zu untersuchen, ob aufgrund unterschiedlicher DNA-Konzentrationen im Plasma zwischen malignen und benignen Tumoren der Prostata unterschieden werden kann. Nach der Konzentrationsbestimmung der freien zirkulierenden DNA wird diese auf allelische Imbalance (AI), wie LOH oder MSI, untersucht. Hierfür wurde ein Set von 10 Mikrosatelliten-Markern ausgewählt, die in Regionen von Tumorsuppressorgenen lokalisiert sind. Für die Analysen wird die DNA durch eine PCR mit Primern, die an diese Marker genspezifisch binden, amplifiziert. Durch die Analysen der freien zirkulierenden DNA von BPH-Patienten und gesunden Probanden soll festgestellt werden, ob der Nachweis von genetischen Alterationen spezifisch für Prostatakarzinom-Patienten ist, oder auch bei Patienten oder Probanden ohne eine bösartige Läsion vorkommen kann. Um Auskunft über die Herkunft der freien zirkulierenden DNA im Plasma zu erhalten, werden vergleichende Analysen über das Auftreten von AI im Primärtumor derselben Patienten durchgeführt. Die gewonnenen Daten werden anschließend mit den klinisch-pathologischen Parametern der Prostatakarzinom-Patienten statistisch verglichen. Auf diese Weise soll festgestellt werden, ob dieser experimentelle Ansatz zur Erkennung eines Prostatakarzinoms geeignet ist und ob durch die genetische Charakterisierung der freien zirkulierenden Plasma-DNA klinisch wertvolle Informationen über den Tumor erhalten werden können.

On my thesis the free circulating DNA from blood plasma of patients with prostate cancer, patients with a benign prostate hyperplasia (BPH) and of healthy probands, was isolated, to determine, if it is possible to differentiate between patients with a benign lesion such as BPH from a malign lesion such as prostate cancer by the detection and quantification of free circulating DNA. Afterwards the DNA was analyzed on allelic imbalance such as Loss of heterozygosity (LOH) or Microsatelliten Instability (MSI) by using a set of 10 Microsatellite Marcers which where all located close to tumor supressor genes. For further analysation the DNA was amplified by PCR with Primer, which bound in these regions specifilcally. By also analysing the DNA of BPH-Patients and healthy probands in the same way, I tried to find out, if it is possible to also detect genetic alterations in the free circulating DNA of people without a malignancy. To get information about the origin of free circulating DNA in tumor patients, comparativ analyses where done with the tumor DNA of the prostate cancer patients. All the data which could be detected, where compared statistically with the clinical/pathological parameters such as the Gleason-Score or PSA-level, to find out, if it is possible to gain clinical information by the analysation of free circulating DNA in the plasma.